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lunes, 13 de mayo de 2019

Micromanipulator and 3 axis joystick, Arduino based

c








Arduino code

/* MICROMANIPULADOR
 
  90 parado
  Menor de 90, giro a la derecha
  Mayor 90 giro a la izquierda
  
   [##] --> derecha (menor 90)
  +----------+
  |          |
  |          |
  +----------+

  LED 3
 
 */


//Librerias

#include <Servo.h>

Servo servo_x;  // crea el objeto servo
 Servo servo_y;  // crea el objeto servo
  Servo servo_z;
  const int pot_x = A0;
  const int pot_y = A1;
  const int pot_z = A2;
 int pos_x; //Variables lectura
   int pos_y;
    int pos_z;

const int led = 3;
 
int paro = 90; //valor paro servo
int margen_sup = 55;//valores medios 52,53
int margen_inf = 45;
//##########################
//SETUP#####################

void setup() {
   Serial.begin(9600);
   servo_x.attach(9);  // vincula el servo al pin digital 9
     servo_y.attach(10);
       servo_z.attach(11);
       pinMode(led , OUTPUT);
}

void loop() {

 pos_x = map(analogRead(pot_x), 0, 1023, 0, 100);  // lee entrada analogica y trans a %
pos_y = map(analogRead(pot_y), 0, 1023, 0, 100);
pos_z = map(analogRead(pot_z), 0, 1023, 0, 100); 

Serial.print( pos_x);
 Serial.print(" ");
 Serial.print( pos_y);

 Serial.print(" ");
 Serial.println( pos_z);
             

 digitalWrite(led , LOW);
if(pos_x > margen_sup ){ servo_x.write(98);   }//98
if(pos_x > margen_sup + 15){ servo_x.write(180); digitalWrite(led , HIGH);}//180
if(pos_x < margen_inf){ servo_x.write(84); }//85
if(pos_x < margen_inf - 15){ servo_x.write(0); digitalWrite(led , HIGH);}//0

if(pos_x >= margen_inf && pos_x <= margen_sup){ servo_x.write(paro); }


if(pos_y > margen_sup){ servo_y.write(85); }//85
if(pos_y > margen_sup + 15){ servo_y.write(0);digitalWrite(led , HIGH); }//0
if(pos_y < margen_inf){ servo_y.write(98); }//98
if(pos_y < margen_inf - 15){ servo_y.write(180); digitalWrite(led , HIGH);}//180
if(pos_y >= margen_inf && pos_y <= margen_sup){ servo_y.write(paro); }

if(pos_z > margen_sup ){ servo_z.write(97); }
if(pos_z > margen_sup + 15){ servo_z.write(180); digitalWrite(led , HIGH);}

if(pos_z < margen_inf){ servo_z.write(84); }
if(pos_z < margen_inf - 15){ servo_z.write(0);  digitalWrite(led , HIGH);}
if(pos_z >= margen_inf && pos_z <= margen_sup){ servo_z.write(paro); }

  delay(100);


}

viernes, 7 de diciembre de 2018

Técnicas de observación

Distintas técnicas de observación de una preparación. Una muestra marina de hace un tiempo que desgraciadamente no tenía indexada. Parece la parte calcárea de algún organismo, quizás alguna larva de gasterópodo o algo así.


martes, 4 de diciembre de 2018

Tissue Processor II

Last year I built a DIY tissue processor based on Arduino


This device helps to dehydrate samples dipping them into increasing alcoholic baths. Despite its construction was a rewarding challenge for me and I am proud of this device, I think it is excessively complex. Due to that I don't see it like a reliable machine.

So I am going to build a second version based more in mechanics than in electronics. I will use mechanisms like the four bar arm linkage, a cams system and a Geneva wheel.

So I am going to build a second version replacing motors and sensor for more mechanical systems like a four bar arm linkage, cams systems and a Geneva wheel. That mechanisms would make this new tissue processor much more reliable than the previous one because it will need very few motors and sensors.


Auto apuntes

 -(05/12/2018). Los siguientes pasos serían:
  • Mejorar el diseño de la Rueda de Ginebra, utilizando software CAD y hacer más pruebas en madera contrachapada.
  • Hacer pruebas de material (metacrilato) y de anclaje de las ruedas a una base.
  • Redimensionar el diseño para hacerlo los más pequeño posible (tamaño de un libro grande). La idea es que pueda guardarse en una estantería. Este punto es más importante de lo que parece para la utilidad práctica del procesador (de nada servirá si se ha de guardar en un almacén inaccesible)

-(06/12/2018). Sobre la Rueda de Ginebra.



martes, 19 de junio de 2018

Palma de mano en Jiusion USB microscope a 40x

La cámara ofrece una resolución de 640x480px que para móvil, Internet e inspección es suficiente. La calidad óptica de imagen es buena. Evidentemente, existen trastos de alta resolución y lentes de cristal pero aquí nos interesa la relación calidad precio.

Esta es la palma de mi mano

Y esta es la misma a 40x con el microscopio/lupa USB. Donde pueden apreciarse los poros.

Es recomendable en este tipo de imágenes realizar algo de "postproducción", he resaltado los detalles, así a lo guarro, con el software Fotoxx de Linux, que te lo hace con unos cuantos "clicks" sin que te tengas que comer mucho el coco.

Haciendo esto:
  • #Histograma 
    • Recorte de extremos 
  • #Efectos
    • Enfocar 
  • #Retocar luz y color
    •  menos contraste
    •  más color
Se llega a esto que resalta más los detalles.

La cámara promete unos falsos 1000x, que deben ser unos 200x reales o así. De todas formas la mejor franja de trabajo para estos aparatos es en el rango mínimo. Una gran ventaja de esta cámara es la de conectarla a móviles y tabletas que tengan función OTG. Si el móvil no dispone de ella, de todas formas siempre puede usarse como una webcam.

martes, 5 de junio de 2018

Problemas de microtomía

Problema
La sección de parafina se curva o enrolla.

Causas
  • La cuchilla ha perdido el filo.
  • El angulo de corte es demasiado grande.

Fuente.
https://es.slideshare.net/vikashkr756/short-talk-final

sábado, 18 de noviembre de 2017

Pruebas de microtomía

El objetivo de esta prueba era técnico.
Se preparó el portaobjetos con albúmina de Mayer (glicerina, albumina de huevo y un antifúngico). El cefalotorax de una pequeña araña se deshidrató de la siguiente forma:

  • Primero en etanol 50º, 48h. 
  • Pasó por 60º, 70º, 80º y 96º. Durante 20 minutos cada uno. 
  • Igual tiempo en xilol y parafina. 

Finalmente se corto dentro de bloque de parafina con microtomo rotatorio.

El corte fue poco exitoso no lográndose una tira seguida de cortes de  cera.
Algunos cortes de pescaron del baño caliente.
Sobre un plato caliente se hicieron diversos baños suaves de xilol para eliminar la parafina.

Se logró mantener el corte en su posición.

Se fijó la muestra con DPX y se colocó el cubreobjetos.


40x

 100x

1000x (Con aceite de inmersión) 

1000x

Otra preparación. Misma deshidratación. En DPX. 40x.


sábado, 11 de noviembre de 2017

Técnicas básicas para microscopia de artrópodos


Resumen de procedimientos basado en:

Gibb, T.J., Oseto, C.Y., Arthropod Collection and Identification. Laboratory and Field Techniques. 2006. Academic Press. USA.

Maceración
Con substancias cáusticas remover tejidos blandos.
Al 5-10% NaOH o KOH (Sosa cáustica, potasa). El texto recomienda la sosa puesto que conserva detalles más delicadamente. El tiempo depende de varios factores, aunque como referencia indica una noche a temperatura ambiente.

Lavado
Con agua destilada. Añadir un poco de ácido acético (vinagre) permite garantizar la desactivación de la substancia cáustica.

Deshidratación
Desde el agua destilada, una serie de baños alcohólicos: 50º, 70º, 80º, 90º, 95º y absoluto. El tiempo depende de diversos factores.

Tinción
Puede ser un tema complicado.
Fucsina ácida para cochinillas (scale insects), áfidos (appphids) y piojos (lice).
Tinción simple para exoesqueletos con mercuriocromo (mercromina).

Blanquear (para especies oscuras), puede usarse peróxido de hidrógeno (agua oxigenada) o una mezcla de amoniaco y peróxido a proporción 1:6 respectivamente.


sábado, 21 de octubre de 2017

Aluminium basket for samples

I have designed a tiny basket for samples for my tissue processor. It is built by drilling and threading a 8mm aluminium bar.
 
Process

 6 mm inside

1 mm, holes


miércoles, 23 de agosto de 2017

Lepisma 20x, enfoque por capas





El resultado siguiente es el enfoque por capas con Picolay (usando las tres imágenes anteriores) y ajuste del histograma con Photoshop.



domingo, 6 de agosto de 2017

Focus Stacking con Picolay

Probando rápidamente y sin complicaciones el enfoque por capas (ver), usando el software Picolay (http://www.picolay.de/). Hecho en cuatro "clics". El programa de form automática fusiona los planos enfocados de cada imagen para aumentar la profundidad de campo.No queda perfecto y en la imagen final, detalles importantes no quedan claros (pata anillada del plano superior), pero no está mal por no hacer nada.

El siguiente resultado es el de tres imagenes obtenidas con un movil y una lupa binocular a 20x.

Aedes albopictus (Mosquito tigre)

Originales




sábado, 5 de agosto de 2017

Planos del procesador con LibreCAD

He estado trasteando con un programa de CAD (computer-aided design), tal vez les suene el famoso AUTOCAD. Se trata programas de dibujo industrial o arquitectónico. 
Esta es la primera vez que hago algo con uno. He utilizado el LibreCAD para rediseñar el carrusel del procesador de tejidos que tengo entre manos.

En vez de "dibujar" he preferido indicarle al "CAD" los comandos para que fuera más preciso. Sin embargo, tienes que saber los puntos donde le vas a decir que dibuje lo que sea. Ej: círculo con centro en (0,0) y radio 15.

El carrusel tiene 12 agujeros, la única dificultat es la de hallar los centros para los agujeros que no estan sobre los ejes Y o X. Para ello téngase en cuenta la siguiente imagen.

Los agujeros iran a 30º y 60º, por lo que por trigonometria \(radio*sen(alfa)=Y\) y \(radio*cos(alfa)=X\). Para trazar la línea que corta el círculito (para poder taladrar el agujero) se ha procedido encontrando dos puntos alineados con el centro de este, con el mismo método.

Bueno, si esto es raro de entender, es porque esta raro explicado. Solo son apuntes. En el fondo (y en la superficie) lo que quiero es poner el dibujito de mi plano y ya está. Pues eso es todo. Arte, arte... esto si que es arte: 



jueves, 3 de agosto de 2017

Pruebas con procesador de tejidos DIY




Sirva esto como anotación personal.

Próximos pasos:
  • Probar el servo, que ha de ir a un Pin PWM. Hacía cosas raras al iniciarse, tal vez debiera colocarle un relé. 
  • Terminar el menú que ha de constar de las siguientes secciones:
    • Preprogramas: Son las rutinas básicas como:
      • Baños de deshidratación
      • Deshidratación y xilol
      • Deshidratación, xilol y parafina
      • Solo parafina,
      • Etc.
    • Programación
      • Le especificamos que ha de hacer
    • Utilidades
      • Permite mover los motores independientes y otras acciones. Para hacer pruebas sin tener que modificar el software de la máquina.
  • Hacer la caja. En principio sería de aluminio y metacrilato. Se compondría de dos partes, inferior y superior. La parte de arriba se quitaría como una tapa dejando al descubierto el brazo con el carrusel  y los controles. El brazo y el carrusel serían fácilmente extraíbles de la carcasa.
  • Perfeccionar el sistema de “encoder” óptico. Tendría que hacer un optoacoplador especial a partir de dos de ellos y usar solo un disco de posición en vez de dos. El sensor tendrá que ser móvil y ajustable con palomilla.
  • Pruebas con el porta-cables. Una vez se tenga la caja hay que ver cómo encaja todo.  

domingo, 2 de julio de 2017

Pruebas sencillas de retoque fotográfico

A continuación se ve la imagen original de filamentos de lana, obtenido con una Nikon y un microscopio triocular en campo oscuro y justo debajo la misma en la cual se ha recortado el histograma arriba y abajo en el programa fotoxx para linux.

La cuestión es que querría poder mejorar las imágenes pero sin tener que dedicar demasiado tiempo a la edición. Por lo general me limitaba a ajustar brillo y contraste pero esta otra opción, igual de rápida parece dar bastante buen resultado a judgar por el resultado.


Cuando tenga aldo de tiempo me tengo que mirar tutoriales:
https://sites.google.com/site/hispafotoxx/05---video---tutoriales-03-el-histograma

domingo, 18 de junio de 2017

Introducing my stereomicroscope



Recently I bought a stereomicroscope, also know as binocular magnifier or dissection microscope. It is an Euromex, Novex 4-AP model. It is for amateurs, altough it has a good image quality and is robust. In my opinion, it is great value for money.

There are other models in the same Novex AP family that have more features, e.g., bottom lighting or rotating objectives with dual magnification (10x and 30x for example). But I think that I won't use those features so I just chose what I needed.

The Novax 4-AP (150€ in Amazon)


Weevilg face (20x)

White screen of a smat phone (20x)

g

Some words about the photographs: I took the images with a 2Mpixel Bressel digital eyepiece and the quality is not very good. With the stereomicroscope the best way to enjoy it is by looking through it with your own eyes because it has two eyepieces and two objectives so you can see the specimens in stereographically.  Unfortunately, photography is flat. Therefore, to evaluate the device only by its photographs is dificult, and you need to see it with your own eyes.


At present I am working on an Arduino project to make an automatic tissue processor. (using conventional- and  not stereo-microscopy). It is hard to make good microscopic slides because you must prepare the specimen in many chemical solutions sequentially and that is very time consuming, so that this device could be very useful. I will post about that new project when it is more developed.

Italki users have helped me correcting my original text.

domingo, 11 de junio de 2017

Pelos de Prades al microscopio


Pelos de poni a 40x, campo oscuro


Lana de oveja a 40x 


 Igual a la anterior pero en campo oscuro.


Detalle de lana de Oveja a 100x


Tres imagenes de lana a 40x con diferentes técnicas. Las imágenes no están editadas. Estan hechas con una Nikon D40:

Luz transmitida (normal y corriente)


Campo oscuro -de andar por casa-


Luz polarizada de andar por casa (esta hecho con dos lentes de unas gafas 3D)


domingo, 9 de abril de 2017

Hormiga en parafina

Cortes de una hormiga de cabeza gorda embebida en parafina. Cortado con micrótomo rotatorio. En los cortes de 5 \( \mu\) se conservaba el perfil del exosqueleto hueco teniendo poco interés.  Algunas imágenes del bloque de parafina y varias secciones del bloque fotografiadas con luz incidente. 

Casete para corte

Bloque x10

Sección de una pata x40

Ídem x100